Lỗi cú pháp trong khi sử dụng Kết thúc thư (EOM) bên trong vòng lặp while trong tập lệnh shell ubuntu

Tôi có một mã chứa lệnh trong đó người dùng được nhắc chọn một tùy chọn từ những tùy chọn được hiển thị trong menu. Điều này cần được thực hiện lặp đi lặp lại nhiều lần, do đó tôi đã sử dụng vòng lặp while. Bây giờ, tôi đã sử dụng phương pháp EOM (Kết thúc thông báo) để cung cấp thông tin đầu vào khi được nhắc. Trong khi sử dụng, tôi nhận thấy rằng phương pháp này gây ra lỗi tiếp theo khi thực thi. Tôi đã thu hẹp lỗi ở phần này của mã (dòng 80 đến 83) và không thể vượt qua phần này.

Xin hãy giúp tôi giải quyết điều này.

Các dòng nơi xảy ra lỗi:

NHIỆT ĐỘ = "q"
gmx_mpi make_ndx -f pull_sim.gro -o index.ndx <<EOM
$TEMP
EOM

Lỗi:

./Run_Pull_Code.sh: 105: Lỗi cú pháp: kết thúc tệp không mong muốn (dự kiến ​​là "xong")

Vui lòng tìm mã đầy đủ sau đây (tham khảo các dòng 80 đến 83 tại đây):

#!/bin/sh
# Nhận xét trên đặt tệp sh để thực thi dưới dạng trình thông dịch (Từng dòng một)

# Tìm thư mục làm việc hiện tại
BASEDIR=$(pwd)
echo "Tôi hiện đang ở trong thư mục sau:"
tiếng vang "$BASEDIR"
tiếng vang " "


################################################# #######################################
# Đặt vị trí mã kéo và giảm dần (Tất cả tính bằng nm)
################################################# #######################################
GIẢM=0,5 #Bước theo nm
RANGE=1 #Từ vị trí cao nhất đến thấp nhất
MID_POS=9.327 #Quan sát phân tử nước cao nhất (nguyên tử O) của mặt nước
INIT_POS=$( echo "$MID_POS + $RANGE" | bc -l) # Vị trí ban đầu
LAST_POS=$( echo "$MID_POS - $RANGE" | bc -l) # Vị trí cuối cùng
CURR_POS=$INIT_POS # Chỉ định vị trí Ban đầu làm vị trí hiện tại


LOOP_CNT=0
trong khi [ 1 -eq "$(echo "${LAST_POS} <= ${CURR_POS}" | bc)" ]
làm 
    # tăng giá trị
    LOOP_CNT=$( tiếng vang "$LOOP_CNT + 1" | bc -l)
    DISTANCE=$CURR_POS

    # Đặt số vòng lặp (X) làm số mã kéo cho mô phỏng (X)
    SIM_CNT=$LOOP_CNT

    # Tạo thư mục (1) X_Pull (2) X_Pull/Making
    DIR_NAME_MAIN=$SIM_CNT"_Pull"
    mkdir $DIR_NAME_MAIN
    DIR_NAME_MAKING=$SIM_CNT"_Kéo/Làm"
    mkdir $DIR_NAME_MAKING
    
    tiếng vang " "
    echo "Tôi đã tạo các thư mục."
    tiếng vang " "

    # Sao chép các tệp từ thư mục điều kiện tiên quyết sang thư mục mới tạo
    cp Điều kiện tiên quyết/Avo_decanol.pdb Điều kiện tiên quyết/water_box.pdb $DIR_NAME_MAKING
    cp Điều kiện tiên quyết/simulation_file.mdp Điều kiện tiên quyết/topol.top $DIR_NAME_MAIN
    
    ################################################# #######################################
    # Làm hộp mô phỏng "pull_sim.gro"
    ################################################# #######################################
    cd $DIR_NAME_MAKING
    #(1) Cố định khoảng cách của decanol với mặt nước và tạo hộp decanol duy nhất có cùng kích thước với hộp nước
    KHOẢNG CÁCH=9.5 
    gmx_mpi editconf -f Avo_decanol.pdb -o Dec_box.pdb -center 2.5 2.5 $DISTANCE -box 5 5 12
    #(2) TẠO các tệp mèo CONSTANT HEADER VÀ ENDER ở định dạng PDB
    # 4 dòng đầu tiên của bất kỳ tệp PDB nào chứa thông tin về kích thước hộp và tên, v.v.
    #Chỉ cần sao chép bốn dòng vào một tệp HEADER PDB riêng biệt bằng lệnh sau.
    sed -n '1,4p' Dec_box.pdb > HEADER.pdb
    # 2 dòng cuối cùng cũng chung cho tất cả các tệp PDB, do đó hãy sao chép các dòng này vào tệp PDB ENDER bằng lệnh sau.
    sed -n '38,39p' Dec_box.pdb > ENDER.pdb
    #(3) Tách thuộc tính nguyên tử decanol khỏi tệp PDB của nó (dòng 5 đến 37) bằng lệnh follwing
    sed -n '5,37p' Dec_box.pdb > file_1.pdb
    #(4) Tách các thuộc tính nguyên tử nước khỏi tệp PDB của nó (dòng 5 đến 15004) bằng lệnh follwing
    sed -n '5,15004p' water_box.pdb > file_2.pdb
    #(5) Bây giờ kết nối tất cả các tệp trên với tệp PDB mặt nước theo trình tự sau:
    mèo HEADER.pdb file_1.pdb file_2.pdb ENDER.pdb > pull_sim.pdb
    #(6) Sắp xếp lại tất cả số nguyên tử trong pull_sim.pdb và chuyển đổi nó thành tệp GRO, tệp pull_sim.gro.
    gmx_mpi editconf -f pull_sim.pdb -o pull_sim.gro -center 2.5 2.5 6.0 -box 5.0 5.0 12.0 -resnr 1

    # Sao chép tệp pull_sim.gro được tạo gần đây từ thư mục tạo sang thư mục trước đó
    đĩa CD ../
    Làm cp/pull_sim.gro ./
        
    tiếng vang " "
    echo "Hộp kéo đã được tạo."
    tiếng vang " "
    
    ################################################# #######################################
    # Bắt đầu mô phỏng
    ################################################# #######################################
    # (1) Tạo tệp chỉ mục
    NHIỆT ĐỘ = "q"
    gmx_mpi make_ndx -f pull_sim.gro -o index.ndx <<EOM
    $TEMP
    EOM
    # (2) Tạo tệp tpr từ mô-đun grompp
    gmx_mpi grompp -f Simulation_file.mdp -p topol.top -c pull_sim.gro -n index.ndx -maxwarn 0 -o nvt.tpr
    # Xóa tất cả nội dung
    xa lạ
    tiếng vang " "
    echo "#####################*********** Kéo mô phỏng: $LOOP_CNT *********** #####################"
    tiếng vang " "
    # (3) mdrun
    gmx_mpi mdrun -v -deffnm nvt -nb gpu -pme gpu -pmefft gpu -bonded gpu
        
    # Di chuyển trở lại thư mục chính
    đĩa CD ../
    
    # Giảm khoảng cách cho vòng lặp tiếp theo
    CURR_POS=$( echo "$CURR_POS - $DECREMENT" | bc -l)
xong
    
#xa lạ
tiếng vang " "
tiếng vang "Hoàn thành"
tiếng vang " "