Tìm lệnh từ trái sang phải và đính kèm ID

Tôi đang cố khớp các tệp MRI với các tệp âm lượng của chúng.

Lý lịch:

Liên kết đến các tập tin: https://wiki.Cancerimagingarchive.net/pages/viewpage.action?pageId=68550661#68550661171ba531fc374829b21d3647e95f532c

Các tệp MRI có đường dẫn tệp:

./manifest-1599764098812/Prostate-MRI-US-Biopsy/Prostate-MRI-US-Biopsy-0001/06-28-2009-NA-MRI PROSTATE W WO CONTRAST-51743/11.000000-t2spcrstaxial oblProstate-90221/1-01 .dcm

Các tệp âm lượng có đường dẫn tệp với ID dài duy nhất:

./STLs/Prostate-MRI-US-Biopsy-0001-ProstateSurface-seriesUID-1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.266717969984343981963002258381778490221.STL

Tôi có một danh sách (mriIdList.txt) chứa tất cả các tệp ID để ảnh chụp MRI đầu tiên của bệnh nhân 1 nằm ở dòng đầu tiên, v.v. Một bệnh nhân có thể chụp nhiều MRI và mỗi MRI có ID riêng. Ngoài ra, tôi muốn gắn nhãn thư mục mẹ của tệp .dcm vì tôi sẽ xử lý thư mục tệp. Các số trong tên tệp MRI là vô nghĩa. Lưu ý khoảng cách trong tên tệp.

Giải pháp đã thử:

#!/bin/bash
tìm thấy . -tên "*{t2}*"
xargs -a ./mriIdList.txt -I {} -d'\n'
sed 's/.$1/.$1$2/'

Đây là tập lệnh đầu tiên của tôi, vì vậy tôi chắc chắn rằng nó bị rối ở một nơi khác, nhưng vấn đề của tôi là "tìm" đi qua các thư mục theo cách tối ưu hóa bộ nhớ máy tính. Tôi cần tìm các tệp MRI đi từ trái sang phải. (tức là từ Prostate-MRI-US-Biopsy-0001 đến Prostate-MRI-US-Biopsy-0002). Ý tưởng chung của tôi là tìm các thư mục có nhãn "t2", chạy qua danh sách ID và đính kèm ID vào thư mục đó. Sau đó, tôi sẽ sử dụng ID để khớp các bản chụp cộng hưởng từ với khối lượng của chúng.

Ví dụ:

Tôi đã tạo một thư mục ví dụ ở đây: https://drive.google.com/drive/folders/17Gcl-IOjFzHKnIKEHVllLFDhcdR35E5c?usp=sharing

Bệnh nhân đầu tiên (Prostate-MRI-US-Biopsy-0001) có 1 MRI. Đường dẫn tệp sẽ thay đổi thành một cái gì đó như

/MRI-US-Biopsy/Prostate-MRI-US-Biopsy-0001/06-28-2009-NA-MRI PROSTATE W WO CONTRAST-51743/11.000000-t2spcrstaxial oblProstate-90221_1.3.6.1.4.1.14519.5.2. 1.266717969984343981963002258381778490221

Bệnh nhân thứ hai không có MRI nên bỏ qua.

Bệnh nhân thứ ba có 3 lần chụp cộng hưởng từ. MRI đầu tiên nên được

Prostate-MRI-US-Biopsy/Prostate-MRI-US-Biopsy-0003/05-01-2006-NA-MRI PROSTATE W WO CONTRAST-62671/3.000000-t2spcrstaxialp2-33258_1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.186749128823668707247

Thư hai:

Tuyến tiền liệt-MRI-US-BIOPSY/GROSTATE-MRI-US-BIOPSY-0003/09-21-2008-NA-MRI WO Tương phản-86577/9.000000

Thứ ba:

Tuyến tiền liệt-MRI-US-BIOPSY/PROSTATE-MRI-US-BIOPSY-0003/10-17-2009-NA-MRI PROSTATE W WO Tương phản-68997/9.000000-T2SPCRSTAXIAL OBRPROSTATE-97825_1.3.6

Sau đó, tôi có thể chuyển các tệp MRI và STL vào một tập lệnh python để trích xuất các đặc điểm hình ảnh vì chúng có cùng một ID. Nó sẽ là 1 tệp MRI phù hợp và 1 tệp STL cùng một lúc. Tôi cũng sẽ nhận bất kỳ và tất cả lời khuyên về hoạt động đó.

Bất kỳ trợ giúp hoặc đề xuất sẽ được đánh giá cao.

Tôi không bận tâm đến việc đổi tên vì tôi có ID khớp 1:1 và có thể truy cập các tệp âm lượng ngay bây giờ, nhưng điều này đã hiệu quả!

Từ thư mục mẹ của tệp MRI:

cây -dfi > dir.txt;
grep "t2" dir.txt > mriFiles.txt

Cây giữ trật tự của các thư mục. Grep tìm thấy các thư mục quan tâm.