Có cách nào để tôi tải tệp vào RAM để tính toán nhanh hơn không

Bây giờ tôi đang học với Bioinformatics. Tôi đang làm việc với các chương trình căn chỉnh như BWA. Tôi tự hỏi có bất kỳ lệnh hoặc thư mục nào cho phép tôi sao chép tệp fastq từ ổ cứng vào RAM và thực hiện tất cả các thao tác căn chỉnh và tính toán trên đó, chỉ in đầu ra ra ổ cứng. Hoặc ít nhất nó có thể hoạt động với RAM

bạn có thể sử dụng RAMFS để tạo/gắn thư mục vào RAM, sau đó sao chép các tệp của bạn vào đó. Ngoài ra còn có một cách khác để đạt được những gì bạn muốn với vmtouch

sudo mkdir -p /mnt/ram
Sudo mount -t ramfs /mnt/ram
Sudo chmod 755/mnt/ram

cp /path/to/myFile /mnt/ram/myFile

Tất nhiên, nội dung của /mnt/ram sẽ bị mất khi ngắt kết nối hoặc/và khởi động lại

Giải phóng các tệp ram được gắn tạm thời:

Sudo umount /mnt/ram
sudo rmdir /mnt/ram

Mkusb tiết kiệm liên tục trực tiếp Cài đặt với toram

mkusb: https://help.ubuntu.com/community/mkusb, tạo các bản cài đặt Kiên trì Sống tiết kiệm sẽ khởi động cãi lý.

Bản cài đặt tiết kiệm có thể được tải vào USB hoặc đĩa trong.

Tôi nghĩ rằng điều này làm cho một hệ thống rất nhanh, nếu bạn có đủ RAM.

Giữa các phiên, dữ liệu được lưu trên phân vùng lớp phủ ext4 liên tục. Bạn cũng có thể thêm các phân vùng Dữ liệu FAT32 và NTFS.

Ubuntu (và các bản phân phối Linux khác) đã đi kèm với đĩa ram được gắn sẵn trong /dev/shm. Kích thước của đĩa ram này bằng một nửa RAM của bạn (vì vậy trong trường hợp của OP là 10 GB).

Thay vì tạo một đĩa ram khác, bạn hoàn toàn có thể tạo một thư mục bên trong /dev/shm, sao chép các tệp của bạn vào đó và xóa lại thư mục sau đó.

Ví dụ:

$ mkdir /dev/shm/myfiles
$ cp /path/to/myfiles /dev/shm/myfiles
$ làm bất cứ điều gì /dev/shm/myfiles
$ rm -R /dev/shm/myfiles