Tôi đã cài đặt anaconda3 để cố chạy một đường dẫn nhất định nhưng tôi nghĩ mình đã gặp phải lỗi không tương thích.
Đối với anaconda, tôi đã tạo một môi trường với conda create -n name python=3.6 nhưng có vẻ như một số tệp python đang chạy từ đó đang hướng tới python 2.7. Ví dụ tôi đang gặp lỗi này
Tệp "/home/stella/anaconda3/envs/cutruntools2.1/bin/bamCoverage", dòng 5, trong <module>
từ deeptools.bamCoverage nhập chính
Tệp "/home/stella/anaconda3/envs/cutruntools2.1/lib/python3.6/site-packages/deeptools/bamCoverage.py", dòng 8, trong <module>
từ deeptools nhập writeBedGraph # Điều này nên được thực hiện trực tiếp trong một bigWig
Tệp "/home/stella/anaconda3/envs/cutruntools2.1/lib/python3.6/site-packages/deeptools/writeBedGraph.py", dòng 9, trong <module>
từ deeptools.utilities nhập getCommonChrNames
Tệp "/home/stella/anaconda3/envs/cutruntools2.1/lib/python3.6/site-packages/deeptools/utilities.py", dòng 4, trong <module>
từ deeptools.bamHandler nhập openBam
Tệp "/home/stella/anaconda3/envs/cutruntools2.1/lib/python3.6/site-packages/deeptools/bamHandler.py", dòng 2, trong <module>
nhập khẩu pysam
Tệp "/home/stella/.local/lib/python2.7/site-packages/pysam/__init__.py", dòng 5, trong <module>
từ pysam.libchtslib nhập *
ImportError: /home/stella/.local/lib/python2.7/site-packages/pysam/libchtslib.so: biểu tượng không xác định: _Py_ZeroStruct
Ngoài ra, nếu tôi làm việc trong môi trường anaconda chẳng hạn như
conda kích hoạt cutruntools2.1
(cutruntools2.1) stella@IBP10382:~$ trăn
Trăn 3.6.13 | đóng gói bởi conda-forge | (mặc định, ngày 19 tháng 2 năm 2021, 05:36:01)
[GCC 9.3.0] trên linux
Nhập "trợ giúp", "bản quyền", "tín dụng" hoặc "giấy phép" để biết thêm thông tin.
>>> nhập deeptools.misc
>>> từ deeptools.bamCoverage nhập chính
>>> nhập sys
Tôi dường như không gặp phải lỗi nhập vì có vẻ như trong đoạn mã đầu tiên. Nhưng trên python sau khi hủy kích hoạt, tôi không thể nhập các mô-đun này vì đây là phiên bản khác của python. Chạy lệnh bash gọi tất cả các tập lệnh python, v.v. từ bên trong môi trường cũng không giải quyết được.
Tôi sẽ đánh giá cao bất kỳ ý kiến hoặc nơi để tìm kiếm chỉ cho tôi sai lầm.
Cảm ơn!
