Tôi đang cố cài đặt gói R rgdal trên HPC tại trường đại học của mình.
Tôi nhập lệnh thông thường được sử dụng cho bất kỳ gói nào khác đã được cài đặt chính xác, nhưng không phải cho "rgdal".
install.packages("rgdal")
Thông báo lỗi đầu ra như sau:
cấu hình: lỗi: không tìm thấy gdal-config hoặc không thực thi được
Tôi nghi ngờ điều này xảy ra vì R tìm kiếm gdal-config trong thư mục R được chia sẻ của cụm, nhưng việc cài đặt gói chỉ được phép trong thư viện cá nhân. Trên thực tế, khi tôi cố gắng cài đặt các gói khác (và chúng hoạt động bình thường, ở đây tôi sẽ sử dụng "readr" làm ví dụ), tôi đã nhận được cảnh báo sau:
Cảnh báo trong install.packages("readr") :
'lib = "/cm/shared/oswald-apps/R/gcc/4.1.0/lib64/R/library"' không ghi được
Thay vào đó, bạn có muốn sử dụng thư viện cá nhân không? (y/n)
Tôi đã đồng ý với điều đó, và tôi được hỏi
Bạn có muốn tạo một thư viện cá nhân
~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1
để cài đặt các gói vào? (y/n)
Sau khi xác nhận là có, như đã đề cập trước đó, các gói khác đã được cài đặt chính xác và hoạt động tốt. Tuy nhiên, khi cố gắng cài đặt "rgdal", không có thông báo cảnh báo nào và trong số các kết quả đầu ra khác có
định cấu hình: R_HOME: /cm/shared/oswald-apps/R/gcc/4.1.0/lib64/R
Vì vậy, tôi nghĩ rằng vì lý do nào đó, "rgdal" đang tìm kiếm gdal-config trong thư viện dùng chung, không thể ghi được, thay vì thư viện cá nhân. Vì gdal-config không có nên quá trình cài đặt bị hủy bỏ.
Tôi đã tìm kiếm cùng một vấn đề và thực tế tất cả các giải pháp được đề xuất đều yêu cầu sử dụng sudo, nhưng tôi không có quyền làm điều đó.Vì vậy, tôi đoán những gì tôi đang tìm kiếm là một cách để yêu cầu "rgdal" làm mọi thứ trong thư viện cá nhân thay vì thư viện được chia sẻ.
Bất kỳ ý tưởng về làm thế nào để làm điều đó?
